В годы Великой Отечественной войны институт предоставил свои базы эвакуированным в Уфу научным учреждениям Москвы и Украины, принимал участие в восстановлении боеспособности раненых воинов Советской Армии и обеспечил бактерийными препаратами, а также непосредственным участие своего коллектива эпидемическое благополучие Башкирии и ряда других областей страны. В 1943 г. приказом Наркомздрава РСФСР Уфимский санитарно-бактериологический институт был слит с уфимским филиалом Московского областного института им. Мечникова. Новый научно-исследовательский институт получил название Института эпидемиологии и микробиологии им. Мечникова Министерства здравоохранения РСФСР.
Став учреждением федеративного подчинения и приобретя второе крупное здание — ныне первый корпус на улице Октябрьской революции, 3-а, институт получил возможность широко развернуть производство, не ослабляя своей деятельности по борьбе за санитарно-эпидемиологическое благополучие Башкирской республики. Одновременно он стал расти и как научно-исследовательское учреждение.
С 1943 г. институт стал развертывать большое сывороточное производство, получив в свое распоряжение загородное хозяйство — сыворотный филиал в 60 км от Уфы. Институт имел в то время в своем составе четыре отдела — производственный, эпидемиологический, микробиологический и санитарно-гигиенический с 23 лабораториями. Продукция института составляла 26 названий. Общий объем выпускавшейся продукции достиг 131,8 тысяч в год. Ею обеспечивались части Советской Армии, БАССР и многие другие области. Бюджет, по сравнению с 1917 г. возрос в 50 раз. Штат состоял из 449 человек, из них 57 научных сотрудников, Научными руководителями института в годы Отечественной войны был член-корреспондент Украинской АН проф. Дроботько (позже проф. Гольденберг и Терских).
В те годы во вновьорганизованном институте усилия коллектива научных работников были направлены прежде всего на разрешение проблемы алиментарно-токсической алейки. Изучалась природа этого заболевания (Губарев, Мельников), эпидемиология (Митюкевич) и клиника (Сулейманов, Терских). Из других работ этого периода нужно отметить исследования по проблеме гриппа (Мельников, Марков-Осергин и др.), по вопросам фагопрофилактики брюшного тифа (Чернова, Кривошеева, Герман), дизентерии (Иванова, Сулейманов), лептоспирозам (Терских) и по вопросам санитарного состояния городов Б АССР (Чернова, Гольдштейн, Юдина).
С завершением Великой Отечественной войны и переходом страны на путь восстановления народного хозяйства сократилась потребность в некоторых бактерийных препаратах, необходимых в период войны: было прекращено производство противогангренозной сыворотки, раневых фагов, а позднее и некоторых других препаратов (моновакцина), значительно сократился выпуск столбнячного анатоксина.
В послевоенные годы в институте началась организованная и техническая перестройка, была изменена структура и направление работы эпидемиологического отдела, значительно расширился объем научных исследований и увеличились кадры за счет местных научных работников (все научные сотрудники Московского института им. Мечникова были реэвакуированы).
