Однако содержать такое количество лошадей в городе было нельзя, поэтому еще в 1898 г. Медицинским обществом была приобретена в 6 км от города по Белгородскому шоссе (в Померках) дача с прилегавшей к ней большой территорией (около 15 десятин). На усадьбе дачи в Померках были построены 3 конюшни на 108 лошадей и с осени 1899 г. все лошади из города были переведены в новое помещение. При конюшнях имелись изолятор, операционная, бокс и кладовая для хранения сывороток. Этими конюшнями, наряду с построенными позже, институт пользуется до настоящего времени. На даче было отстроено также помещение для мелких экспериментальных животных.
В 1908 г. произошла реорганизация Пастеровского института и бактериологической станции на базе этих учреждений был основан бактериологический институт. В состав института позже вошел также и Химико-микробиологический институт, который возник в 1911 г. на базе кабинета химической и микроскопической диагностики, занимавшегося исследованиями различных патологических объектов. Кабинет этот был открыт при Бактериологической станции еще в 1888 г. по инициативе врача Ф. К. Алексеева. Химико-микробиологический институт входил в состав Бактериологического института до 1932 г.
Помимо производства сывороток и диагностической работы. Бактериологический институт проводил большую работу по подготовке кадров врачей бактериологов. Еще с 1,890 г. при бактериологической станции начали функционировать курсы по подготовке бактериологов, серологов, специальные курсы но холере и др.
Работа эта была необходима, так как университет не имел кафедры бактериологии, В 1912 г, закончили курсы бактериологов 53, курсы серологов — 10 человек. Не менее 30 врачей и студентов постоянно занимали в институте рабочие места и занимались исследовательской работой. На курсах преподавали врачи — сотрудники бактериологического института.
Уже в то время была утверждена одна стипендия по подготовке врача-бактериолога для нужд института; кроме того, были выделены средства для премирования за лучшие работы но бактериологии.
