Помещение института постепенно расширялось, вначале за счет переселения пастеровского отдела в другое здание, затем за счет выселения лаборатории Аптекоуправления.
В 1926 г. был построен небольшой корпус для чумной лаборатории, в 1928 г. — корпус паразитологического и санитарного отдела. К 1934 г. площадь института в доме № 41 по ул. Кафанова (рис. 1) достигла 1068,8 м2.
В 1934 г. был построен специальный производственный корпус на Педагогической улице (рис. 2).
На первых порах работы институт испытывал большие затруднения из-за отсутствия квалифицированных кадров. В 1920—1921 гг. в институте периодически работал Ф. М. Прядко, талантливый клиницист, разносторонне образованный. Им были начаты первые работы по малярии, он же начал широкую gрактическую серологическую работу (реакция Вассермана). В 1925 г. в институте начали работать А. В. Георгиевский, затем М. И. Максианович и Н. И. Ходукин (см. фото). Последний с 1940 г. являлся научным руководителем института. В 1927 г. институт пополнился рядом специалистов и молодых врачей, в числе которых были доцент Г. М. Семенов, основавший диагностическую лабораторию 57 1 Багликова, М. С, Софиев, Ф. И. Шевченко, И. Я. Авербух и др. Так сформировалось основное ядро научных работников, вокруг которых затем стала воспитываться молодёжь.
С этого времени институт начал планово развертывать научную работу, в периодической печати стали регулярно появляться статьи его сотрудников
Для пополнения технического персонала при институте в 1931 г. были организованы одногодичные курсы лаборантов. Первый выпуск был осуществлен в том же году, было подготовлено 44 человека.
Постепенно расширяя свою деятельность, институт уже с 1922 г. вступил в общение с центральными бактериологическими учреждениями, стал принимать участие в работах всесоюзных съездов эпидемиологов, микробиологов и санитарных врачей (на съездах делались доклады А. Д. Грековым и Д. В. Саблиным).
Противоэпидемическая деятельность института к 1929 г. расширилась за пределы Узбекистана: институт (в лице А. Д. Грекова) принимал участие в ликвидации ряда чумных вспышек (Ак-Камыш, Кара-Калпакия; Нарын-Киргизская республика), по борьбе с брюшным тифом (Сталинабад) и др.
В 1929 г. в институте организуется санитарно-гигиеническая лаборатория и он переименовывается в Санитарно-бактериологический, а в 1930 г. — в Институт эпидемиологии, микробиологии и санитарии.
Если рассматривать период с 1918 по 1926 гг. как период становления института, то время с 1926 по 1932 г. надо считать временем полного развертывания работы института.