Вакцинный отдел был организован при институте в 1920. Однако сведения об его деятельности сохранились только за предвоенные и последующие годы. Эта лаборатория так же как и другие производственные отделения была довольн быстро расширена. В годы своей максимальной нагрузки лаборатория выпускала 9 видов препаратов.
Вакцинный отдел просуществовал в институте до 1947 г.г он сыграл большую роль в деле снабжения населения и Советской Армии профилактическими препаратами против кишечных и детских инфекций.
Лаборатория по изготовлению оопенной вакцины была создана в 1920 г. Вначале производство препарата шло в очень небольших количествах в неприспособленном помещении, с переходом же института в дом № 9 по ул. К. Хетагурова ей было предоставлено отдельное помещение. Введение интенсивного способа обработки телят способствовало значительному повышению выхода оспенной вакцины.
Оспенный детрит выпускался до 1951 г., когда его производство в институте было прекращено.
Одной из старейших лабораторий, созданных еще в 1918 г. является лаборатория по изготовлению антирабичеокой вакцины, именовавшаяся в первые годы существования Пастеровской станцией.
Вначале эта лаборатория приготовляла вакцину Филиппса, а затем полностью перешла на изготовление антирабической вакцины Ферми. Помимо производства препарата, эта лаборатория проводила и проводит работу по контролю за реактивностью применяемой вакцины, методическому руководству по проведению профилактических мероприятий и борьбе с бешенством.
Длительное время в институте изготовляли противокоревую сыворотку и дизентерийный бактериофаг. В 1941 г. была создана специальная лаборатория бактериофага. Максимальное количество выпущенного дизентерийного фага составило 26832 л в 1950 г. Лаборатория просуществовала до 1951 г.
Институт выпускал также и сейчас после некоторого перерыва вновь выпускает противотуберкулезную вакцину (вакцина БЦЖ).
В предвоенном 1940 г. производственный отдел института сформировался в крупную производственную единицу. В этом же году институт приобрел республиканское значение и перешел из краевого непосредственно в подчинение Наркомздрава РСФСР. Переоборудование и расширение сывороточного отдела дало возможность институту в начале 1941 г. довести количество лошадей-продуцентов до 400 с лишним голов, т. е. увеличить поголовье примерно в 4 раза по сравнению с 1939 г.
В 1941 г. был перестроен и расширен примерно вдвое вакцинный отдел, создана лаборатория очистки и концентрации сывороток, вновь организована стеклодувная мастерская и т. п. С началом Великой Отечественной войны институт увеличил не только количество выпускаемых препаратов, но и ассортимент их.
За период временной оккупации Ставропольского края во второй половине 1942 г. институту был нанесен огромный ущерб. Общая сумма от разрушений и хищения ценного имущества составила 3210658 руб. После освобождения Ставрополья от оккупантов коллективу института пришлось затратить огромный труд для восстановления его нормальной деятельности. Благодаря самоотверженному труду коллектива, производственный отдел института продолжал выпускать продукцию на протяжении почти всего периода войны.
Из сказанного не следует, что выпуск всех препаратов производился такими же темпами. Годовое выполнение плана в неизменных ценах колебалось в пределах от 40 до 80% и только уже В 50-х годах технико-экономические показатели, в том числе и выполнение плана, начали резко улучшаться.
