В 1933 г. Пермский бактериологический институт переименовывается в Институт эпидемиологии и микробиологии
Следующее десятилетие (1930—1940) — период бурного экономического преобразования Урала — характеризуется расширением организационно-методической и производственной деятельности института.
Осуществление грандиозных планов, переход на рельсы современной техники поставили перед коллективом института задачу поднять производительность труда, увеличить выпуск бактерийных препаратов.
В 1933 г. Пермский бактериологический институт переименовывается в Институт эпидемиологии и микробиологии. Ему придается научно-производственный профиль. За счет передачи, основной части анализов городским лабораториям, расширяется сывороточный и вакцинный отделы. Организуется бруцеллезная лаборатория, лаборатория по изготовлению дифтерийного анатоксина, начинается выпуск противокорезой сыворотки. С 1940 г. осваивается производство дизентерийного бактериофага.
В это время резко увеличивается объем выпускаемой продукции. Так, если за 21 предшествующий год (1900—1921) было выработано всего 231 млн. АЕ противодифтерийной сыворотки, то за 1931—1933 гг. выпуск достиг 539,4 млн. АЕ.
В 1935 г. институт выработал 400 л сывороток и 400 л вакцин, а уже в 1940 г. выпуск сывороток возрос в 2, а вакцин в 2,5 раза.
В связи с расширением базы сывороточною производства в 1940 г. иммунизационная группа выделяется как самостоятельная в новый отдел.
В 1940 г. ассортимент выпускавшихся институтом бактерийных препаратов: включал 11 наименований. Штат научных сотрудников к началу 1940 г. составил 23 человека против 17 человек в 1931.
В годы Великой Отечественной войны работа института была подчинена главной задаче — помочь обороне Родины. Коллектив института напряженно трудился, снабжая тыл и фронт необходимыми лечебными и профилактическими препаратами, помогая органам здравоохранения бороться за эпидемическое благополучие края. Рост валовой и товарной продукции из года в год возрастал. Номенклатура бактерийных препаратов с каждым годом увеличивалась. Начав с 11 видов препаратов в 1940 г., институт уже к 1945 г. выпускал 23 вида их.
Большая работа была проведена по освоению производства и Массового выпуска анаэробныхсывороток (противогангренозные, противостолбнячные), особенно необходимых при ранениях военного времени. Расширился выпуск кишечных вакцин различных видов, сухого дизентерийного и брюшнотифозного бактериофага (1945).
В 1943 г., по заданию Наркомздрава в институте развертывается работа по изготовлению сыпнотифозной вакцины. Пермский институт первый из институтов Советского Союза освоил массовый выпуск сыпнотифозной вакцины из платяных вшей по методу Пшеничнова—Райхера. Этот большой вклад пермских ученых в дело профилактики сыпного тифа был высоко оценен Правительством, присудившим в 1946 г. А. В. Пшеничнозу и Б. И. Райхеру Сталинскую премию.
С окончанием войны и переходом на мирные рельсы структура института, естественно, несколько изменилась. При этом несмотря на сокращение производства ряда препаратов, массовый выпуск которых диктовался условиями военного времени, деятельность института расширяется.
